1996. 6. 18 정무원 결정으로 승인
 제 1 조  이 규정은 다른 나라로부터 자유경제무역지대에 전염병과 해로운 벌레, 잡풀, 독성물질 같은 것이 들어오는 것을 미리 막고 사람들의 생명과 건강, 동식물을 보호하기 위하여 제정한다.

 제 2 조  다른 나라에서 자유경제무역지대(이 아래부터는 지대라 한다.)에로 들어오거나 지대에서 다른 나라에 나가는 려행자와 짐, 수송수단에 대한 국경검역은 이 규정에 따라 한다.

 제 3 조  지대에서의 국경검역은 국경출입지점에 있는 국경검역기관이 한다. 국경출입지점에는 지대안의 국경철도역과 국경건늠길, 자유무역항, 항공역이, 국경검역기관에는 국경위생검역기관, 국경수의검역기관, 국경식물검역기관이 포함된다.

 제 4 조  국경위생검역은 려행자와 의약품(독약, 마약, 극약 포함), 혈액과 혈장, 인체병원성미생물균주, 사람이 먹을 수 있게 가공한 식료품(고기, 알과 같은 동물성식료품은 제외), 전염병발생지역에서 들어오는 물품, 시체를 넣은 관, 그것을 실은 수송수단(이 아래부터는 국경위생검역대상이라 한다.)에 대하여 한다.

 제 5 조  국경수의검역은 동물, 그 부산물 및 가공품(국경위생검역대상은 제외), 알과 정액, 동물성배자, 수의약품(수의용 독약, 마약, 극약, 생물약품 포함), 수의병원성미생물균주, 동물성짐승먹이, 사양관리도구, 깔개, 그것을 실은 수송수단(이 아래부터는 국경수의검역대상이라 한다.)에 대하여 한다.

 제 6 조  국경식물검역은 식물과 그 표본, 씨앗, 알곡, 남새, 과일, 감자, 목화, 잎담배와 만담배, 약초, 반가공한 식물성제품, 농작물의 부산물과 그 가공품(국경위생검역대상은 제외), 목재, 토양과 그 표본, 식물성짐승먹이, 식물병원성미생물균주, 그것을 실은 수송수단(이 아래부터는 국경식물검역대상이라 한다.)에 대하여 한다.

 제 7 조  국경검역기관은 필요한 경우 쌀, 밀가루, 고기, 물고기를 비롯한 식료품과 그 원자재, 식료품의 포장재와 같은 검역대상에 대하여 공동검역을 할 수 있다.

 제 8 조  국경검역은 검역대상이 려행자인 경우에는 국경출입지점에 도착한 즉시에, 기차, 자동차, 비행기인 경우에는 국경출입지점에 머무르는 시간에, 배인 경우에는 해가 뜬 다음부터 지기전까지의 사이에 한다.

 제 9 조  다른 나라 배는 1지점에 도착한 즉시 검역 신호기를 띄우거나 검역신호등을 켜야 한다. 검역신호기나 검역신호등은 국경위생검역이 끝난 다음 내리우거나 꺼야 한다.

 제10조  국경검역은 검역문건소지정형을 확인하거나 검역문건의 내용과 검역대상을 대조확인하는 방법으로 한다. 필요한 경우에는 시료를 채취하여 분석하는 방법으로 할 수도 있다. 한개의 국경검역대상을 놓고 여러 국경검역기관이 공동으로 검역하는 경우에는 해당 검역대상을 맡은 국경검역기관이 통일적으로 시료를 채취하여 해당 국경검역기관에 넘겨주어야 한다.

 제11조  국경검역을 위한 시료채취대상과 분석에 필요한 량은 해당 중앙검역기관이 정한다. 중앙검역기관에는 중앙위생검역기관과 중앙수의 검역기관, 중앙식물검역기관이 포함된다.

 제12조  중계짐, 통과짐의 국경검역은 외형검사를 기본으로 한다. 해로운 벌레가 있거나 역한 냄새가 나는 경우와 포장이 터졌거나 산적짐인 경우, 짐임자나 수송인 또는 그 대리인이 요구하는 경우에는 외형검사밖의 국경검역을 할 수 있다.

 제13조  국경검역은 짐임자나 수송인 또는 그 대리인의 립회밑에서만 할 수 있다.

 제14조  짐임자나 수송인 또는 그 대리인은 국경검역기관이 요구하는 필요한 검역조건을 보장하여야 한다. 검역조건에는 봉인을 뜯거나 포장을 헤치며 시료를 뜨는 것과 같은 조건이 포함된다.

 제15조  국경검역기관은 국경검역과정에 전염병환자나 그 접촉자, 전염병의심자, 전염병에 걸린 동물이 발견된 경우 해당 방역기관과의 련계밑에 격리시키며 병균이나 해로운 벌레 및 잡풀이 발견된 경우에는 소독을 하거나 용도를 변경시켜야 한다. 전염병전파위험요소가 있는 경우에는 포장재와 함께 태워버리거나 매몰하며 그것을 실었던 수송수단은 소독하여야 한다.

 제16조  국경검역기관은 국경검역이 끝나는 차제로 해당한 검역증을 발급하거나 검역확인을 해주어야 한다.

 제17조  국경출입지점에서 치료, 소독과 같은 검역처리를 받았을 경우에는 검역비를 물어야 한다. 검역비의 기준은 국가가격제정기관이 정한다.

 제18조  이 규정을 어겼을 경우에는 100∼1,000원의 벌금을 물리거나 국경출입지점통과를 허용하지 않는다. 어긴 행위가 엄중한 경우에는 행정적 및 형사적 책임을 진다.

 제19조  국경검역과 관련하여 의견이 있는 경우에는 해당 중앙검역기관에 신소와 청원을 할 수 있다. 신소와 청원은 접수한 날부터 30일 안에 처리하여야 한다.